Nata nel 1946, laureata in sociologia, ha lavorato presso la Biblioteca dell’Istituto delle Finanze dell’Università di Istanbul. Nel 1977, assieme al marito Ragip, fonda le Edizioni “Belge” e dal 1986 lavora come membro attivo nell’associazione dei Diritti Umani turca: partecipa a indagini sulle carceri e la tortura, pubblicando 30 libri di scrittori detenuti.
Viene arrestata varie volte: nel 1982, nel 1984, nel 1994, nel 1996. Viene condannata a 2 anni di reclusione nel 1995, torturata ripetutamente con scariche elettriche, per aver pubblicato il libro di Yves Ternon Il tabù armeno. Nel 1997, processata per aver pubblicato il volume dell’autore armeno Vahakn Dadrian Il genocidio, viene assolta e, per la prima volta viene distribuito liberamente in Turchia un testo sul genocidio degli armeni.
Ayse ha ricevuto molti premi: dall’Unione degli Editori Turchi, da Human Right Watch, dal Pen Americano, dall’Unione Mondiale degli Scrittori e, nel novembre 2001 il premio "Padova - Città dei Giusti".
È morta, dopo breve malattia, il 28 gennaio del 2002.
Dal 17 aprile 2012 a Ayse Nur Zarakoglu sono dedicati un albero e un cippo al Giardino dei Giusti di tutto il Mondo di Milano.